A pesquisa formal teve início em 1999 com a criação da Sociedade Internacional para Saúde Mental Online (ISMHO), que estabeleceu o Grupo de Estudo de Casos Online , composto por 16 terapeutas profundamente interessados na prática online. A pesquisa do grupo visava utilizar estudos de caso clínicos para abordar os desafios teóricos, éticos e técnicos da prática online. Entre esses terapeutas estavam pioneiros da psicologia online: Michael Fenichel e John Suler .
Este grupo, por meio de John Suler (2000), publicou um documento contendo 61 hipóteses sobre o trabalho clínico e a psicoterapia online . Além disso, em 2001, a ISMHO propôs diversos princípios para auxiliar terapeutas a determinar se a prática online é apropriada para eles. O documento não declara explicitamente indicações ou contraindicações, mas sim apresenta questões abertas para incentivar a reflexão, considerando diversos parâmetros (preferências do paciente, conhecimento de internet de ambas as partes, personalidade do paciente, etc.). Finalmente, no início de 2000 , a ISMHO e a Sociedade Psiquiátrica de Informática publicaram conjuntamente diretrizes éticas sobre a prática da psicoterapia online . Essas diretrizes são estruturadas em torno de três pontos: consentimento informado do paciente, procedimento padrão e gerenciamento de emergências.
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Foi somente na década de 2000 que surgiram as primeiras pesquisas científicas mensurando a eficácia da terapia online. Durante a primeira década desse período, diversos estudos demonstraram que a terapia online era clinicamente semelhante à psicoterapia presencial . Uma metanálise de 2008, realizada por Azy Barak e colegas, também mostrou que os benefícios da terapia online são tão duradouros quanto os da terapia presencial . Em relação aos processos e variáveis importantes envolvidos na relação terapêutica, pesquisas têm demonstrado que aqueles induzidos pela relação online são semelhantes aos da terapia presencial.